Die Markuskirche ist ein gefragter Konzertraum für Gastensembles und Gastmusiker. Vielen von ihnen ist sie Heimat geworden, wie z.B. dem Rock-Pop-Chor „Robins Choruso“, dem „orpheus chor münchen“ und dem „Vokalensemble München“. Regelmäßig finden hier auch Abschlusskonzerte der Musikhochschule statt.